“ ――選べ。 ”
機巧魔神(アスラ・マキーナ)と呼ばれる人型兵器の「黑鐡(クロガネ)」を操る夏目智春は、その絶大な力を使い、危機的状況下から洛芦和高校の生徒達の命を救うことに成功した。
しかし機巧魔神は、副葬処女(ベリアル・ドール)と称される少女の魂をすり減らすことで魔力を発揮する。魂を削られた少女達は感情をなくしていき、全ての感情をなくした時、消滅してしまう。黑鐡の副葬処女は、智春の幼なじみである水無神操緒。何も知らずに黑鐡を操ってきた智春は、同じ副葬処女である哀音の消失によって、ついにその事実を知ってしまう。見え始めた世界の真実。智春に迫られる「選択」の行方は…。